1、图像难采集，对设备要求高，需好光源，价格昂贵摄像头，需人高度配合。

2、睫毛和眼皮遮掩，特别不适合带睫毛的女性。

3、瞳孔弹性形变，可通过有效归一减小影响，最好途径获取虹膜纹理随瞳孔运动数学模型。

4、头或眼球转动带来虹膜旋转误差。

5、带眼镜反光的影响，特别在户外强光问题。

6、不同摄像头设备带来图像质量的差异。

目前手机上所谓的眼球识别，虹膜识别，视网膜识别只是小型美瞳软件变异而来，不是真正的虹膜识别技术。